La historia comienza junto al primer recuerdo de Yuuki, en el que se halla perdida durante una tormenta de nieve. Es atacada por un vampiro fuera de control, situación de la que es rescatada por otro vampiro, Kuran Kaname. Kaname, la lleva junto a Cross Kaien, que se convierte en su padre adoptivo, y más adelante, en el director de la Academia Privada Cross. Esa escuela tiene un sistema de clases nocturnas y diurnas, pero poca gente sabe que esa escuela de élite oculta un secreto: los alumnos de la Clase Nocturna son en realidad vampiros. El director y Kuran Kaname creen que es posible una convivencia pacífica de humanos y vampiros.
Zero, un chico procedente de una familia de cazadores de vampiros cuyos padres fueron asesinados por la vampiresa del eterno florecer, y de ello ya han pasado cuatro años, es uno de los pocos de la Clase Diurna que conocen el secreto y se ocupan de mantener el orden en la Academia. Zero odia a los vampiros más que a nada en el mundo por tanto está en contra del pacifismo del director y odia bastante a Kaname por ser de la misma clase que esa mujer, pero a su vez también oculta un gran secreto que lo tortura día a día.
A pesar de su profundo amor hacia Kuran Kaname, Yūuki no es capaz de aceptarlo completamente ya que una parte de ella siempre ha amado a Zero, la persona que ha vivido junto a ella estos últimos cuatro años, pero quien no desea mostrar su naturaleza verdadera por temor a dañarla. A través de la historia se van revelando los profundos lazos que Yūuki tiene hacia Zero y se da a conocer que no importa lo que pase ella, prefiere sacrificar su vida antes de verlo morir a él, por ello acepta gustosa en ayudarlo y no teme acercársele aun sabiendo que Kaname se disgusta y enfurece.
